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  • Laboratorio di Modellistica Molecolare
  • Attrezzature laboratorio di Modellistica Molecolare

Laboratorio di Modellistica Molecolare (LMM)

 

  • Breve descrizione delle attività del laboratorio

Il Laboratorio di Modellistica Molecolare (LMM) del Dipartimento di Farmacia è stato uno dei primi laboratori ad occuparsi di chimica computazionale in Italia. Esso è, ormai da anni, punto di riferimento per studenti italiani e stranieri che desiderano approcciarsi al mondo del Drug Discovery e della Computational Biology nonché sede di continui scambi di conoscenze ed esperienze con rinomati laboratori europei ed americani. Attualmente, l'attività scientifica del LMM consiste nell'applicazione, in ambito biofarmaceutico, di metodologie bioinformatiche, teoriche e computazionali sia classiche che avanzate. Nel dettaglio, le tecniche utilizzate comprendono metodi quantomeccanici, homology modelling,  docking molecolare, virtual screening, dinamica molecolare e metodi di free energy come la metadinamica. Tali metodologie consentono di individuare nuovi composti come potenziali lead e di caratterizzarne a livello atomico il meccanismo d'azione e le modalità di interazione con un determinato bersaglio molecolare; inoltre, esse consentono di studiare processi di folding/unfolding di biosistemi quali peptidi, proteine e DNA, e di investigare i cambi conformazionali di recettori, sia di membrana che citosolici, in assenza e in presenza di ligandi endogeni o di composti farmacologicamente attivi. L'attività del LMM beneficia, inoltre, di dati ottenuti mediante tecniche sperimentali (ad esempio NMR, MS e ITC), frequentemente integrati nel corso delle elaborazioni computazionali. Il laboratorio è dotato di 20 workstation professionali di ultima generazione per analisi e grafica molecolare e di un cluster HPC ibrido CPU/GPU ad alta prestazione.

  • Elenco delle attrezzature

Il Laboratorio di Modellistica Molecolare è equipaggiato con 20 workstation professionali di ultima generazione per analisi e grafica molecolare nonché con un cluster HPC ibrido CPU/GPU ad alta prestazione dotato di 560 processori Intel® Xeon® Gold e 64 processori AMD® EPYC® per un totale di 624 cores di calcolo, e 2 GPU NVIDIA® Tesla® V100, integrato con un ampio sistema di storage per l'archiviazione dei dati.

  • Contatti 

Responsabile scientifico: Prof. Antonio Lavecchia  Telefono: 081 678 613, e-mail: antonio.lavecchia@unina.it

Coordinatore delle attività: Prof.ssa Luciana Marinelli – Telefono: 081 679 899, e-mail: luciana.marinelli@unina.it